Hipospadiasın tek tedavisi ameliyattır. Ameliyatta, idrar kanalının açıldığı nokta ile penis ucu arasında oluşmamış olan idrar kanalı tamamlanarak yeni bir idrar kanalı oluşturulur.
Yassılaşmış bir halde bulunan penis başına, normalde olması gereken konik şekil verilir. Eğer sertleşince peniste eğrilik oluşuyorsa, ameliyat sırasında penisin eğriliğine neden olan bantlar temizlenir ve penis sertleştiğinde düz olacak şekler getirilir.
Hipospadiasın türüne göre uygulanacak olan değişik ameliyat teknikleri bulunur. Ameliyatın süresi, seçilen tekniğe göre 1-4 saat arasında değişebilir.
Sünnet derisi hipospadias ameliyatında eksik idrar kanalının oluşturulması sırasında kullanılır. Bu yüzden bu kıymetli malzemenin sünnet yapılarak harcanmaması gerekir. Yani hipospadiaslı çocuklarda sünnet yapılmamalıdır.
Yapılan çalışmalarda,18. aydan sonra yapılan ameliyatlarda çocuğun psikolojik açıdan olumsuz etkilendiği gösterilmiştir. 6.aydan daha küçük yaşlarda uygulanan ameliyat ise genel anestezi riskini artırmaktadır. Bu yüzden ameliyat için en uygun zaman 6 ile 18 ay arasıdır.