Penis kanserinin tedavisi, hastalığın yaygınlık derecesine yani evresine ve kanserin türüne göre değişir.
Bazı hastalarda, penisteki kanserli doku ile birlikte bir miktar sağlam penis dokusunun çıkarılması tedavi için yeterli olabilir. Bazı hastalarda ise penisin tamamının çıkarılması gerekir.
Çıkarılan tümör dokusu, tahlil için patoloji laboratuvarına gönderilir. Kanserin türü ve hastalığın evresine göre, daha sonra ışın tedavisi (radyoterapi) ya da ilaç tedavisi (kemoterapi) gerekebilir.
Penis kanseri tedavisi sonrası dönemde hastalar, vücutta kalmış olabilecek kanser hücrelerin bir süre sonra tekrar ortaya çıkmasını engellemek için takip edilmelidirler. Bu yüzden hastalar belli aralıklarla kontrollere çağrılır. Bu kontroller sırasında genel vücut muayenesi yapılır, gerek duyulması halinde bazı kan testleri ve görüntüleme tetkikleri yapılabilir.